Rozgrywka w Machinarium to czysta esencja gry przygodowo-logicznej. Autorzy zrezygnowali jednak z tak nowomodnych bajerów jak rozbudowana fabuła czy możliwość prowadzenia rozmów. Spotkane w grze postacie komunikują swoje potrzeby z pomocą obrazków, a delikatnie zarysowana otoczka fabularna poznawana jest przez gracza raczej mimochodem, będąc niczym więcej jak tylko chwilą odpoczynku pomiędzy jedną zagadką, a drugą. Starsi gracze zapewne przypomną sobie w tym momencie plastelinowy świat Neverhood mając w tym całkowitą słuszność, bowiem styczne zasad rozgrywki są oczywiste. Dla nieobeznanych w prehistorycznych tytułach – Machinarium nie jest jakąś niskobudżetową, tudzież okrojoną wersją gry przygodowej – autorzy zdecydowali się po prostu skupić na samych...